Wybrany na papieża Karol Wojtyła mianował ks. Macharskiego swoim następcą na urzędzie arcybiskupa metropolity krakowskiego. Kard. Macharski odegrał ważną rolę w okresie wielkich polskich transformacji społecznych i ustrojowych.
Nowy metropolita z oddaniem kontynuował dzieło swojego poprzednika. Rozpoczynając pasterską posługę powiedział, że niczego nie wolno nam uronić z tego, co Ojciec Święty Jan Paweł II „zasiał i wypielęgnował na tej ziemi”.
Kardynał był bardzo przywiązany do idei miłosierdzia. Jako biskupią dewizę przyjął zawołanie "Jezu ufam Tobie".
Środowisko obrońców życia jest mu szczególnie wdzięczne za liczne dzieła charytatywne wspierające brzemienne matki i ich poczęte dzieci, małżeństwa, rodziny i osoby starsze.
W czasie, gdy był metropolitą krakowskim, na terenie archidiecezji krakowskiej powstało wiele domów samotnej matki i rodzinnych domów dziecka. Kardynał inicjował działalność zakładów opiekuńczo-leczniczych, organizował poradnie psychologiczne i schroniska dla bezdomnych.
„Niech Bóg da tobie pić ze źródła wody życia!”